Aunque no existan documentos que acrediten la fecha de fundación, se supone que fue fundado hacia la mitad del siglo XI. La primeira donación documentada que se le concede a este monasterio de la Orden Bieita data del 1095, hecha por Argido Peláez, viuda de Arias Pépiz, ligada a la familia de los Condes de Traba, que le donó a este cenobio y a su abad Hodorio, su monasterio familiar de San Xoan de Borneiro. Por estas mismas fechas, Froila Pérez, también de la misma familia, le hace a este mismo monasterio la donación de la villa de Sarteguas (Berdoias – Dumbría), con sus siervos, que quedarían libres a su muerte.

Exterior del Monasterio de MoraimeEn el año 1105, el Conde de Traba D. Pedro otorga una cantidad para su reparación dado que este mismo año había sido asaltado por los normandos, hecho que recoge López Ferreiro en su “Historia Compostelana”. Años más tarde, hacia 1115, fue de nuevo arrasado por las incursiones sarracenas. Fue a partir de esta fecha cuando se levantó el templo actual y un nuevo monasterio adosado en su parte sur. La construción se lleva adelante debido a la ayuda que le presta el rey Alfonso VII, según recoge también la “Historia Compostelana”: este rey favorece a Moraime, en agradecimiento por los servicios que el abad Hodorio y sus antecesores les prestaran en su adolescencia y niñez, mientras estuvo refugiado en este monasterio, cuando las luchas entre sus partidarios y los de su madre Dna. Urraca.

Le concede también donaciones a este monasterio el rey Fernando II; primero la heredad del lugar de Castro (Frixe-Muxía) en el año 1165, y diez años más tarde el lugar de Merexo (Ozón- Muxía). Posteriormente varios reyes le confirman estas donaciones hechas por sus antecesores.

A partir de la segunda mitad del siglo XIV, Moraime empieza a sufrir los saqueos de la pequeña nobleza rural, que poco a poco se va adueñando de sus bienes desobedeciendo las órdenes de los monarcas para que no atenten contra las propiedades de este monasterio. De este modo es como se produce la decadencia de Moraime.

Hasta el año 1489 este monasterio dependía de San Martiño Pinario; como muestra de esta depencia aún queda hoy el escudo con el árbol y dos conchas, situado en la fachada principal de la iglesia. Bajo el reinado de los Reyes Católicos pasa a depender, al igual que otros monasterios gallegos, del Real Monasterio de San Bieito de Valladolid.